سالها پیش ، پژوهشگران به دنبال یافتن علت بیماری آنفولانزا با استفاده از بهترین میکروسکوپهای نوری موجود نتوانستند عامل این بیماری را ببینند و از این رو آن را به جای باکتری ها که معمولا قابل مشاهده و مطالعه با میکروسکوپهای نوری بودند، ویروس نامیدند.
برای مطالعه ویروسها دانشمندان و مهندسان به دنبال ساخت میکروسکوپی بودند که توان بالاتر و قدرت تفکیک بیشتری داشته باشد و چون نور مرئی با توجه به طول موج آن ، قدرت تفکیک محدودی داشت پرتو الکترون را برای مشاهده انتخاب نمودند و میکروسکوپ ساخته شده را میکروسکوپ الکترونی نامیدند.
از آن زمان تا کنون میکروسکوپهای الکترونی با توسعه و طرح های پیشرفته ، توان فوق العاده ای را به تحقیقات در زمینه مطالعه چه در زیست فناوری و چه در نانو فناوری و شناخت ساختار مواد اضافه نمودند. به گونه ای که اکنون هیچ پژوهشی در زمینه ریز ساختارهای در ابعاد نانو چه در مطالعه سلولها و چه در مطالعه اتمها در ساختار مواد بدون این دستگاه مقدور نیست.
